Procédures opérationnelles standard pour le prétraitement des échantillons environnementaux, l'analyse des agents pathogènes et le séquençage du génome entier
Authors: Haider Al-Hello, Outi Nyholm, Tarja Pitkänen, Elisa Salmivirta, Anni Vainio, Kristiina Valkama,Vito Baraka, Eric Lyimo, Steven Mnyawonga, Edward Msoma, Hillary Sebukoto, Modest Chuwa, Jackson Claver, Ibrahim Mauki, Nyambura Moremi, Zakaria Garba, Palpouguini Lompo, Yougbaré Sibidou, Marc Tahita, Melissa Kabena Kabengele, Vivi Maketa, Evodie Ngelesi, Mays Kisala, Brigitte Modadra Madakpa, Tavia Bodisa Matamu, Marie-Anne Kavira Muhindo, Michel Ngimba, Pascal Kabuyaya Nzoloka, Esperance Tsiwedi Tsilabia
DOI: https://doi.org/10.48060/tghn.156
Le projet ODIN a publié un manuel sur le flux de travail analytique pour le traitement des échantillons environnementaux, la création de bibliothèques de séquences de génomes entiers et la collecte des données de surveillance des eaux usées et de l'environnement générées en vue d'une utilisation ultérieure par les autorités sanitaires locales et d'autres parties prenantes. Le manuel de laboratoire contient un protocole détaillé pour générer des informations microbiologiques et génomiques à partir des échantillons environnementaux et des isolats bactériens collectés. Le manuel sera utilisé dans les laboratoires de recherche d'ODIN pour analyser les échantillons d'eaux usées et d'environnement collectés sur les sites d'étude lors de la campagne d'échantillonnage mensuelle. Le manuel a été préparé en collaboration avec des laboratoires de microbiologie clinique et des laboratoires d'eau en Tanzanie, au Burkina Faso et en République démocratique du Congo afin de produire une procédure opérationnelle commune pour la réalisation du programme de surveillance environnementale d'ODIN. La procédure comprend des conseils pour la collecte des échantillons environnementaux, des protocoles de prétraitement des échantillons pour chaque matrice d'échantillon, des méthodes de laboratoire détaillées pour les investigations microbiologiques et moléculaires et des protocoles pour le séquençage du génome entier des isolats environnementaux. Au cours de la préparation du manuel, nous avons d'abord identifié les capacités exactes des laboratoires d'experts en microbiologie en ce qui concerne la réalisation des investigations souhaitées à partir d'échantillons d'eaux usées et d'échantillons environnementaux et nous nous sommes mis d'accord sur la liste des cibles microbiennes à analyser dans chaque lieu d'étude où le système de surveillance de l'environnement ODIN sera testé. Sur la base des méthodes décrites dans le manuel, il est possible de mettre en place un système intégré de surveillance environnementale des multipathogènes et de la RAM pour les pays subsahariens.
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