Protocole ODIN pour la surveillance des pathogènes environnementaux dans les pays sub-sahariens
Dans le cadre du projet ODIN, la mise en place d'un système de surveillance environnementale pour de multiples pathogènes humains est en cours dans trois pays subsahariens : Tanzanie, Burkina Faso et République démocratique du Congo (RDC). L'objectif est de développer un système harmonisé de surveillance des eaux usées et de l'environnement (WES) pour desservir ces régions, avec un potentiel d'expansion dans d'autres pays d'Afrique subsaharienne. Le projet ODIN a publié un livrable 2.2 qui résume la planification et le développement de la stratégie de surveillance environnementale, y compris la phase pilote de la surveillance des eaux usées et de l'environnement pour les pathogènes prioritaires sélectionnés. Ce document a été produit dans le cadre du work package 2 du consortium ODIN, sous la tâche 2.2 « Developing a proposal for a cost-efficient environmental surveillance strategy », en étroite collaboration avec la tâche 2.1 « Gathering information on the existing clinical and environmental surveillance systems », la tâche 2.3 « Preparing guidance and a handbook for microbiological investigations », et la tâche 2.4 « Collecting the environmental surveillance data ». Le rapport fournit également des informations sur la façon dont les performances des méthodes de laboratoire ont été vérifiées et la production de bibliothèques de séquences métagénomiques testée avec des échantillons environnementaux au cours de l'échantillonnage pilote en Tanzanie, au Burkina Faso et en RDC.
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Manuel du laboratoire ODIN - Procédures opérationnelles standard pour le prétraitement des échantillons environnementaux, l'analyse des agents pathogènes et le séquençage du génome entier
Le projet ODIN a publié un manuel sur le flux de travail analytique pour le traitement des échantillons environnementaux, la création de bibliothèques de séquences de génomes entiers et la collecte des données de surveillance des eaux usées et de l'environnement générées en vue d'une utilisation ultérieure par les autorités sanitaires locales et d'autres parties prenantes. Le manuel de laboratoire contient un protocole détaillé pour générer des informations microbiologiques et génomiques à partir des échantillons environnementaux et des isolats bactériens collectés. Le manuel sera utilisé dans les laboratoires de recherche d'ODIN pour analyser les échantillons d'eaux usées et d'environnement collectés sur les sites d'étude lors de la campagne d'échantillonnage mensuelle. Le manuel a été préparé en collaboration avec des laboratoires de microbiologie clinique et des laboratoires d'eau en Tanzanie, au Burkina Faso et en République démocratique du Congo afin de produire une procédure opérationnelle commune pour la réalisation du programme de surveillance environnementale d'ODIN. La procédure comprend des conseils pour la collecte des échantillons environnementaux, des protocoles de prétraitement des échantillons pour chaque matrice d'échantillon, des méthodes de laboratoire détaillées pour les investigations microbiologiques et moléculaires et des protocoles pour le séquençage du génome entier des isolats environnementaux. Au cours de la préparation du manuel, nous avons d'abord identifié les capacités exactes des laboratoires d'experts en microbiologie en ce qui concerne la réalisation des investigations souhaitées à partir d'échantillons d'eaux usées et d'échantillons environnementaux et nous nous sommes mis d'accord sur la liste des cibles microbiennes à analyser dans chaque lieu d'étude où le système de surveillance de l'environnement ODIN sera testé. Sur la base des méthodes décrites dans le manuel, il est possible de mettre en place un système intégré de surveillance environnementale des multipathogènes et de la RAM pour les pays subsahariens.
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