Cette publication présente les travaux du projet ODIN visant à faire progresser la surveillance génomique environnementale en Afrique subsaharienne. L’article explique comment l’intégration de la métagénomique, de la surveillance des eaux usées et des laboratoires mobiles permet la détection en temps quasi réel des agents pathogènes et génère des informations exploitables pour la prise de décision en matière de santé publique. Grâce à sa mise en œuvre dans des pays tels que la Tanzanie, le Burkina Faso et la République démocratique du Congo, ODIN démontre comment les technologies génomiques peuvent renforcer la préparation aux épidémies, améliorer la détection des agents pathogènes prioritaires et soutenir la surveillance de la résistance aux antimicrobiens.

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Cette étude offre un aperçu complet des initiatives de formation en génomique et en bio-informatique qui soutiennent la surveillance des agents pathogènes à travers l'Afrique. Elle met en évidence les progrès significatifs réalisés en matière de renforcement des capacités au cours de la dernière décennie, tout en identifiant les défis persistants, notamment le manque d'infrastructures, la pénurie de personnel qualifié et la nécessité de programmes de formation durables et à long terme. Les conclusions soulignent l'importance de renforcer l'expertise locale, d'intégrer la formation au sein des établissements universitaires et de santé publique, et d'aligner les efforts de renforcement des capacités sur les besoins des systèmes de surveillance afin de soutenir la préparation et la réponse aux épidémies.

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Les maladies diarrhéiques restent un défi majeur pour la santé publique en Afrique subsaharienne, ce qui suscite un intérêt croissant pour la surveillance des eaux usées et de l'environnement (WES) en complément de la surveillance clinique. Une étude récente a mis en œuvre la WES au Burkina Faso, en République démocratique du Congo et en Tanzanie entre janvier et septembre 2025. Des prélèvements mensuels d'eaux usées et d'eaux de surface, combinés à des données cliniques contextuelles, ont permis d'évaluer la faisabilité de la détection de Salmonella Typhi et Vibrio cholerae dans des environnements à faibles ressources. L'étude a identifié des défis opérationnels et institutionnels, souligné l'importance de l'engagement des parties prenantes et démontré comment la WES peut renforcer les systèmes d'alerte précoce et éclairer la prise de décision en matière de santé publique fondée sur des données probantes.

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Face à un paysage mondial en évolution rapide, la menace des maladies d’origine hydrique apparaît grande, soulignant l’urgence d’une surveillance renforcée et complète. Dans ce dernier article, intitulé "Renforcement de la surveillance des agents pathogènes et de la résistance aux antimicrobiens grâce à la surveillance environnementale en Afrique subsaharienne : perspectives des parties prenantes", les auteurs se sont penchés sur le réseau complexe des systèmes de surveillance des maladies infectieuses et de la résistance aux antimicrobiens (RAM) dans trois sous-secteurs divers. Pays d'Afrique saharienne : Tanzanie, Burkina Faso et République démocratique du Congo (RDC).

Le document souligne le besoin urgent de renforcer les mesures actuelles de surveillance des maladies, en particulier dans le contexte de la surveillance des agents pathogènes d'origine hydrique et réémergents, ainsi que de la menace toujours croissante de la RAM.

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Plusieurs pays africains, principalement la République démocratique du Congo, le Burundi et l'Ouganda, sont confrontés à des épidémies de variole du singe hautement transmissibles de clade Ib, ce qui a incité l'Organisation mondiale de la santé à déclarer une urgence de santé publique de portée internationale. La maladie s'est propagée dans des plaques tournantes du voyage telles que Kinshasa, Bujumbura et Kampala, augmentant les risques de propagation internationale. Les efforts actuels d'atténuation se concentrent principalement sur les soins médicaux, les diagnostics, la vaccination et la prévention des infections, mais négligent la surveillance des eaux usées et de l'environnement (WES). La WES peut être efficace pour détecter les points chauds et permettre une réponse rapide grâce à une meilleure collecte de données et au séquençage génomique. Cet article de perspective passe en revue la dernière situation d'épidémie et préconise l'intégration de la WES dans les stratégies de réponse.

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