Développement de processus analytiques métagénomiques et bioinformatiques avec visualisation interactive et partage des résultats
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Développement de processus analytiques métagénomiques et bioinformatiques avec visualisation interactive et partage des résultats
Responsable du LT (Lot de travail): VIB
Chef de file: lennart martens
Objectifs :
Intégrer l'acquisition de données pour prétraiter et formater les données locales en vue de leur transmission au nœud central.
Assurer une acquisition de données optimale par le biais d'une analyse locale et d'un contrôle de qualité afin de permettre une détection précoce des problèmes, alors qu'il est encore possible de prendre des mesures correctives.
Centraliser les données acquises et construire un pipeline de traitement pour le traitement détaillé des données et l'archivage. Il convient de noter que cela comprend à la fois les données et les métadonnées. L'analyse sera automatisée, mais permettra de plus en plus d'effectuer des analyses spécifiques (semi-automatiques).
Visualisation des données sous forme de tableau de bord : affichage interactif des données acquises et traitées, adapté à la prise de décision.
Diffusion des données pour permettre (dans la mesure du possible) le partage des informations acquises et traitées, ainsi que du code, sur la base des lignes directrices FAIR.
Résumé : Le LT4 se concentrera sur le développement de ces pipelines de traitement et de présentation des données, en s'appuyant sur les algorithmes de pointe actuels et sur des visualisations de données interactives et intuitives, le tout dans un format permettant un déploiement facile (Docker) qui facilitera l'utilisation à long terme et offrira le seuil le plus bas possible pour l'adoption dans d'autres pays. Tout au long du projet, l'objectif principal est le renforcement des capacités, en garantissant des solutions robustes qui sont déployées localement, et par le biais d'une formation approfondie et d'un transfert de compétences et de connaissances associé.