Dans le cadre du lot de travail 2 du projet ODIN, une campagne d'échantillonnage des eaux usées et de l'environnement a été lancée en janvier 2025 et s'est poursuivie jusqu'en septembre 2025 en Tanzanie, au Burkina Faso et en République démocratique du Congo (RDC). Des échantillons ont été prélevés une fois par mois à des endroits prédéterminés (Voir le rapport ODIN WP2 D2.2 : Rapport décrivant le protocole de surveillance des agents pathogènes environnementaux dans les pays subsahariens). Le nombre de sites d'échantillonnage variait selon les mois d'échantillonnage dans chaque pays. 

Les échantillons ont été prélevés dans des sites de prélèvement d'eaux usées, d'eaux de surface et d'eau potable (eaux souterraines et eau du robinet) dans cinq villes d'Afrique subsaharienne. Les bactéries indicatrices fécales (Escherichia coli et entérocoques intestinaux) et les agents pathogènes prioritaires, à savoir Vibrio cholerae, Salmonella Typhi, Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (ESBL) Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae et les entérobactéries productrices de carbapénémases (CPE) Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae ont été analysés à partir des échantillons à l'aide de méthodes microbiologiques basées sur la culture dans des laboratoires locaux.

Actuellement, le Work Package 2 du projet ODIN Wastewater Surveillance compile les résultats des analyses et procède au séquençage du génome complet (WGS) des souches bactériennes isolées à partir des échantillons. Les comptages déterminés des pathogènes prioritaires seront utilisés pour les études d'évaluation quantitative des risques microbiologiques (QMRA) menées dans le cadre du Work Package 5 d'ODIN.

Ce contenu a été préparé par Kristiina Valkama, de l'Institut finlandais pour la santé et le bien-être (THL), en collaboration avec le groupe de travail 2 du projet ODIN de surveillance des eaux usées, dirigé par Tarja Pitkänen.