Cette étude a été menée dans le cadre du projet du consortium ODIN « Renforcer la surveillance environnementale pour faire progresser les actions de santé publique », soutenu par la Commission européenne à travers Horizon Europe (accord de subvention n° 101103253) et Global Health EDCTP3. Le projet vise à renforcer les capacités en génomique et en bio-informatique et à développer des systèmes de surveillance des eaux usées et de l'environnement (WES) qui fournissent des informations fondées sur des données afin de soutenir la prise de décision en matière de santé publique au Burkina Faso, en République démocratique du Congo (RDC), en Tanzanie et, plus largement, dans toute l'Afrique subsaharienne.

Dans le cadre du projet ODIN, le Work Package 2 se concentre sur la mise en place de systèmes de surveillance environnementale pour plusieurs agents pathogènes humains, la tâche 2.4 étant consacrée à la collecte de données de surveillance environnementale dans les trois pays partenaires. L'Institut finlandais pour la santé et le bien-être (THL) dirige ces travaux en étroite collaboration avec les laboratoires des pays participant au projet, notamment l'Unité de recherche clinique de Nanoro au Burkina Faso, le Centre de recherche et d'études sur les maladies émergentes et réémergentes (CREMER) en RDC, le Laboratoire national de santé publique (NPHL) à Dar es Salaam et le Laboratoire de l'Institut national de recherche médicale (NIMR) à Tanga, en Tanzanie.

Les maladies diarrhéiques continuant de peser lourdement sur les systèmes de santé publique en Afrique subsaharienne, la surveillance des eaux usées et de l'environnement (WES) suscite un intérêt croissant en tant que complément précieux à la surveillance clinique traditionnelle. Dans un nouvel article intitulé « Vers un cadre pour la mise en œuvre réussie de la surveillance des eaux usées et de l'environnement pour les maladies diarrhéiques en Afrique subsaharienne », des chercheurs rendent compte de la mise en œuvre d'une étude WES menée au Burkina Faso, en RDC et en Tanzanie.

Entre janvier et septembre 2025, des campagnes mensuelles d'échantillonnage des eaux usées et des eaux de surface ont été menées dans divers contextes sanitaires, parallèlement à la collecte de données cliniques contextuelles. Ensemble, ces activités ont permis de recueillir des preuves sur la faisabilité de la WES et sur les défis liés à sa mise en œuvre dans des environnements à faibles ressources pour Salmonella Typhi et Vibrio cholerae. Au-delà de la détection des agents pathogènes, l'étude documente les principaux enseignements opérationnels et institutionnels tirés, ainsi que le rôle de l'engagement des parties prenantes tout au long du projet. En soulignant à la fois les opportunités et les défis liés à la mise en œuvre, ce travail vise à aider les pays à exploiter la WES comme un outil complémentaire pour renforcer les systèmes d'alerte précoce et améliorer la prise de décision en matière de santé publique.

À l'avenir, le projet continuera d'analyser les résultats à l'aide du séquençage du génome entier (WGS), tout en élargissant les recherches à d'autres cibles identifiées dans le cadre du projet ODIN, notamment Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) et de carbapénémases (CP). Ces efforts permettront d'améliorer encore la compréhension de la résistance aux antimicrobiens (RAM) et de renforcer le rôle du WES dans l'orientation des interventions de santé publique en Afrique subsaharienne.

Lien vers la prépublication : https://www.preprints.org/manuscript/202602.1105 (doi : 10.20944/preprints202602.1105.v1)