Burkina Faso

L'équipe ODIN au Burkina Faso a prélevé des échantillons pilotes en octobre et novembre 2024. Des échantillons d'eaux usées, d'eau potable, de sol et de fruits de mer (poissons et crevettes) ont été prélevés pour les lots de travail 2 et 3 (WP 2 et WP 3).

Les échantillons d'eau du WP3 ont été filtrés, et les filtres ainsi que les échantillons de sol et de fruits de mer ont été envoyés au NORCE (Norvège) pour la métagénomique. Les résultats préliminaires sont disponibles et l'analyse des données est toujours en cours.

Les échantillons du WP2, principalement de l'eau potable, des eaux de surface et des eaux usées, ont été analysés au laboratoire de microbiologie de l'Unité de recherche clinique de Nanoro (CRUN). Les échantillons d'eau ont été filtrés ou dilués et ensemencés sur des milieux de culture sélectifs conformément au manuel de laboratoire ODIN. Les pathogènes prioritaires sélectionnés par le consortium ODIN ont été recherchés, tels que Salmonella Typhi, Vibrio cholerae, les bactéries indicatrices fécales (FIB) telles que les entérocoques et Escherichia coli et les bactéries résistantes aux antimicrobiens telles que E. coli et Klebsiella pneumoniae productrices de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) et de carbapénémase (CP).

Échantillonnage pilote en RDC

Le mardi 20 novembre 2024, des échantillons ont été prélevés sur deux des dix sites d'échantillonnage sélectionnés à Goma (est de la République démocratique du Congo), comme indiqué dans le tableau ci-dessous. Les sites sélectionnés étaient MONUSCO pour l'échantillonnage actif et Kivu Lodge pour l'échantillonnage passif.

Les échantillons prélevés sur place dans des flacons en plastique de 50 ml ont été étiquetés avec un code unique et stockés dans une boîte isotherme à une température comprise entre 3,6 et 3,3 °C (température conforme aux instructions du manuel : 5 ± 3 °C).

Au laboratoire de microbiologie de l'INRB, à la réception de l'échantillon, les détails (type d'échantillon, code, date, heure et température d'arrivée) ont été enregistrés et le formulaire de réception de l'échantillon a été rempli.

Après enrichissement, les échantillons ont été incubés pendant 24 heures à 37 °C. La culture a commencé le lendemain (jour 2), conformément aux procédures du manuel de microbiologie de l'ODIN et aux procédures normalisées du laboratoire de microbiologie de l'INRB. L'objectif était d'isoler les bactéries d'intérêt pour le projet ODIN : Vibrio cholerae, Salmonella Typhi, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae et Enterococci. Cinq milieux de culture ont été préparés : gélose au sang, gélose MacConkey, gélose SS, gélose Hektoen Enteric et gélose TCBS.

Échantillonnage pilote en Tanzanie

L'échantillonnage pilote a eu lieu sur deux sites, Tanga et Dar

Le 21 octobre 2024, quatre échantillons ont été prélevés sur deux sites à Tanga, comme indiqué dans le tableau ci-dessous. En outre, l'application ODK collect a été utilisée pour compléter et télécharger les détails de la collecte des échantillons à l'aide du formulaire ODIN de collecte des échantillons sur le terrain.

Suite à l'échantillonnage pilote, un échantillonnage et une analyse réguliers ont commencé sur les trois sites. Des informations à ce sujet seront fournies prochainement.

Analyse microbiologique des échantillons d'eau basée sur la culture

Lorsqu'ils ont été reçus au laboratoire de microbiologie du NIMR de Tanga, les quatre détails de l'échantillon, y compris le type d'échantillon, le code, la date, l'heure et la température d'arrivée, ont été enregistrés et téléchargés dans l'application ODK collect en remplissant le formulaire de réception d'échantillons ODIN de Tanga. Les deux échantillons d'eau ont été analysés à l'aide du manuel de microbiologie ODIN afin d'isoler les organismes prioritaires, à savoir Vibrio cholerae, Salmonella Typhi, Escherichia coli productrice de BLSE et Klebsiella pneumoniae.

Les deux échantillons d'eau ont été analysés à l'aide du manuel de microbiologie ODIN afin d'isoler les organismes prioritaires, à savoir Vibrio cholerae, Salmonella Typhi, Escherichia coli producteur de BLSE, Klebsiella pneumoniae, entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC) telles qu'Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae et bactéries indicatrices fécales (BIF). Les deux échantillons de sol ont été stockés (en attendant une procédure normalisée). En outre, une fraction de 100 ml de chaque échantillon brut a été conservée pour une analyse moléculaire ultérieure.

Pendant deux jours consécutifs (les 23 et 24 octobre 2024), un total de 14 échantillons ont été prélevés à neuf endroits différents de Dar es Salaam, comme indiqué dans le tableau ci-dessous. En outre, l'application ODK collect a été utilisée pour remplir et télécharger les détails de la collecte des échantillons à l'aide du formulaire de collecte d'échantillons sur le terrain ODIN.